Die Paulus Kirchengemeinde Altona entstand 1908 durch die Abspaltung von der Johannes Gemeinde in der Max-Brauer-Allee. Das Gebäude war zunächst ein einfacher Bau ohne Glockenturm. Nach der Zerstörung im Zweiten Weltkrieg wurde sie 1952 in der heutigen Form wieder aufgebaut.
Möglich war dies durch eine Spende des lutherischen Weltbundes von 15.000 DM.
Der Kirchenraum wurden zuletzt 2014 mit Hilfe des Kirchengemeindeverbandes Altona und des Kirchenkreis Hamburg-West/Südholstein renoviert und hat so sein heutiges Erscheinungsbild erhalten.
