Die Paulus Kirchengemeinde Altona entstand 1908 durch die Abspaltung von der Johannes Gemeinde in der Max-Brauer-Allee. Der Vorgänger des heutigen Gotteshauses war eine bereits nach dem Apostel Paulus benannte kleine Fachwerkkirche aus dem Jahr 1682, die für die damals vor den Hamburger Stadtmauern gelegenen Vorstadt gebaut wurde. Nach der Zerstörung im Zweiten Weltkrieg wurde sie 1952 in der heutigen Form wieder aufgebaut.
Möglich war dies durch eine Spende des lutherischen Weltbundes von 15.000 DM.
Der Kirchenraum wurden zuletzt 2014 mit Hilfe des Kirchengemeindeverbandes Altona und des Kirchenkreis Hamburg-West/Südholstein renoviert und hat so sein heutiges Erscheinungsbild erhalten.
